Misión:

Financiar y acompañar programas de inversión sustentables que desarrollan capital humano, social y físico de las familias de escasos recursos, a fin de mejorar sus condiciones de vida y oportunidades de inserción en la economía, bajo los principios de equidad social, solidaridad y transparencia.

Visión:

Ser reconocidos por las comunidades, gobiernos municipales, regionales y sectores, como la institución líder en el financiamiento y acompañamiento de la programación y ejecución de la inversión para erradicar la pobreza y el desarrollo a nivel territorial. Actuar en un ambiente institucional que promueva la gerencia social, el trabajo en equipo, el profesionalismo de sus funcionarios y fortalecer la transparencia, equidad y eficiencia en el manejo de los recursos. 

Objetivos estratégicos con sus respectivos objetivos específicos: 

• Facilitar a las comunidades pobres y grupos vulnerables el acceso a los servicios básicos universales y de protección social que fomenten su inserción en la vida económica del País.

1. Garantizar una política y estrategia de financiamiento a favor de las comunidades pobres.
2. Complementar los planes de los sectores sociales a través de programas de inversión articulados en el territorio con los Gobiernos Municipales y Regionales, según las metas del PND.
3. Actualizar de manera continua los instrumentos vinculados al paquete tecnológico (preinversión, inversión, operación y mantenimiento) para responder a las demandas de los usuarios.

• Contribuir al desarrollo de capacidades locales para la gestión eficaz y eficiente de los procesos de inversión municipal.

1. Promover el fortalecimiento de las instancias de participación comunitaria para la gestión del Plan de Inversión Municipal Multianual (PIMM) y la ejecución y seguimiento de la inversión.
2. Facilitar el desarrollo de las capacidades técnicas de los Gobiernos Locales en los procesos y aplicación de instrumentos relacionados con la gestión del PIMM, el ciclo de proyecto; así como la operación y mantenimiento de la inversión.

• Adecuar su organización y funcionamiento interno, así como los instrumentos técnicos y mecanismos de coordinación para cumplir con su marco estratégico y operativo.

1. Consolidar la capacidad del FISE como articulador de la demanda local de inversión con los planes sectoriales para la definición del plan de inversión municipal que a su vez sirva de insumo para los planes de inversión departamentales.
2. Asegurar la calidad de los procesos, productos y servicios que la institución brinda a la población.

En correspondencia con dichos objetivos, se determinaron tres ejes estratégicos:

1. Inversión Sectorial para el Desarrollo Local
2. Desarrollo de Capacidades Locales para el Manejo de la Inversión Pública
3. Fortalecimiento Institucional, este último de naturaleza transversal y propia de la Institución. Cada eje tiene una expresión programática, que en su conjunto conforman el marco programático institucional, compuesto por tres programas institucionales, que llevan el mismo nombre.

En este sentido se hace énfasis en:

1. La descentralización del manejo de la inversión
2. El desarrollo de las capacidades locales para este propósito
3. En el establecimiento de nuevos mecanismos de asignación de recursos
4. En el fortalecimiento de la capacidad institucional para implementar su nuevo modelo de gestión. 

Ejes programáticos en que enfocará sus acciones relacionadas con el desarrollo de:

1. Un programa de inversión pública a nivel territorial
2. Un programa de fortalecimiento de capacidades locales para el manejo de la inversión pública
3. Un programa de fortalecimiento institucional.